Florian Eggner ist Solist und Kammermusiker; seit 2001 Lehrtätigkeit für Violoncello und Kammermusik; zahlreiche Wettbewerbserfolge seiner Schüler; Meisterkurse in Österreich, Schweiz, Großbritannien und Australien; regelmäßige Kammermusikpartner sind L. Tomter, Takács Quartett, Wiener Streichersolisten, Gerhard Schulz, Peter Riegelbauer und Kirill Kobantchenko.
1997 Gründung, gemeinsam mit seinen Brüdern, des Eggner Trios; seitdem weltweite Konzerttourneen; Zusammenarbeit als Solist mit Orchestern wie, Südböhmische Kammerphilharmonie, INSO-Lviv, Tonkünstler-Orchester Niederösterreich; zahlreiche CD Produktionen und Schallplattenpreise; Grammy-Nominierung unter der Kategorie „Best Small Ensemble“
Florian Eggners Vielseitigkeit zeigt sich vor allem durch die Gründung, gemeinsam mit Benjamin Schmid und Wolfgang Muthspiel, des Austria String Trios;
weiters ist er Mitglied des Wiener Cello Ensembles 5+1 und der Plattform K+K Vienna. Seit 2017 ist er künstlerischer Leiter des Sommer Festivals „Pitten Classics“